Враховуючи специфіку території в біосферному заповіднику запропоновано замість заповідної зони виділити зони регульованого заповідного режиму.
При обґрунтуванні функціональних зон були враховані природні умови, розташування і особливості природних угруповань, просторову диференціацію, особливо цінних з точки зору збереження та вивчення природних ділянок, ступінь радіаційного забруднення, ступінь і характер збережених ландшафтів, пейзажні якості ландшафтів, необхідність санітарно-гігієнічних заходів, сучасне використання території, розміщення інженерних споруд і комунікацій, розташування масивів зелених насаджень і лісів тощо. Таке зонування близьке до зонування з «Концепції зони відчуження», тобто дає можливість виконувати на території біосферного заповідника усі потрібні екологічні заходи, здійснювати постійний радіаційний та протипожежний догляд.
При цьому площа зони регульованого заповідника є максимально можливою і на її території дозволяється проведення заходів, передбачених у Концепції зони відчуження, враховуючи особливості зони радіаційно-небезпечного територіально-адміністративного об'єкту. З метою зменшення ризиків катастрофічних лісових пожеж будуть проведені широкомасштабні заходи протипожежного облаштування лісів, створені мінералізовані смуги і просіки, протипожежні розриви і водні резервуари, буде здійснюватися утилізація сухостою пошкодженого лісу, боротьба з шкідниками.
Взагалі діяльність біосферного заповідника охоплює велику кількість напрямів сталого господарювання і дозволить виконувати всі функції Зони відчуження. Відповідно до статті 12 Закону України «Про природно-заповідний фонд України» управління ЧБЗ буде здійснюватись окремою адміністрацією, яка, враховуючи необхідність дотримання особливого режиму території, буде підпорядкована ГАЗО